ReadoutCodes <- function(codef="SeqHypos")	# File mit Namen der Sequenzcodes = Dateiname plus .ali
{

# Auslesen von AQUAD Sequenzcodes und abspeichern in einer .csv Tabelle
# schreiben in eine .csv Tabelle

# (C) LG

  seqliste <- readLines(paste(codef,".txt",sep=""))
  seql <- length(seqliste)
  print(seql)
  print(seqliste)
  str <- ""
  for(i in 1:seql)
    {
    print(i)
    str <- cbind(str,readLines(paste(seqliste[i],".ali",sep="")))
    }
  str <- t(str)[-1,]					# leere Zeile vom ersten cbind(...) löschen
  rownames(str) <- seqliste				# Seqcodename als Spaltentitel
  colnames(str) <- rep(c("Rel","Code"),10)
  write.table(str, file=paste(codef,".csv"), sep=",") # abspeichern gedrehte Matrix
  return(str)
}